HyperChem是一款专业优秀的分子模拟软件，主要功能包括3D量子化学计算、分子力学和动力学模拟，新版本增加了OpenGL绘图、自定义色彩、混合演示、原子管型演示、增强了蛋白质模型构建功能等，为高分子模拟提供了新的解决方案。
功能特点：
1、结构输入和对分子操作。
2、显示分子
3、化学计算
用量子化学或经典势能曲面方法，进行单点、几何优化和过渡态寻找计算。可以进行的计算类型有：单点能，几何优化，计算振动频率得到简正模式，过渡态寻找，分子动力学模拟 Langevin 动力学模拟， Metropolis Monte Carlo 模拟。支持的计算方法有：从头计算，半经验方法，分子力学，混合计算
4、可以用来研究的分子特性有：
同位素的相对稳定性;生成热;活化能;原子电荷; HOMO-LUMO能量间隔;电离势;电子亲和力;偶极矩;电子能级; MP2 电子相关能; CI 激发态能量;过渡态结构和能量;非键相互作用能; UV-VIS 吸收谱; IR 吸收谱;同位素对振动的影响;对结构特性的碰撞影响;团簇的稳定性
5、支持用户定制的外部程序
6、其它模块：
RAYTRACE模块，RMSFit，SEQUENCE编辑器，晶体构造器;糖类构造器，构像搜寻，QSAR 特性，脚本编辑器
7、新的力场方法：
Amber2，Amber3，用于糖类的Amber，Amber94，Amber96
8、ESR谱
9、电极化率
10、二维和三维势能图
11、蛋白质设计
12、电场
13、梯度的图形显示
14、新增功能：
密度泛函理论(DFT)计算;NMR模拟;数据库;Charmm蛋白质模拟;半经验方法TNDO;磁场中分子计算;激发态几何优化;MP2相关结构优化;新的芳香环图;交互式参数控制;增强的聚合物构造功能;新增基组。
